Improving our understanding of biodiversity and ecosystem functioning and our capacity to inform ecosystem management requires an integrated framework for functional biodiversity research (FBR). However, adequate integration among empirical approaches (monitoring and experimental) and modelling has rarely been achieved in FBR. We offer an appraisal of the issues involved and chart a course towards enhanced integration. A major element of this path is the joint orientation towards the continuous refinement of a theoretical framework for FBR that links theory testing and generalization with applied research oriented towards the conservation of biodiversity and ecosystem functioning. We further emphasize existing decision-making frameworks as suitable instruments to practically merge these different aims of FBR and bring them into application. This integrated framework requires joint research planning, and should improve communication and stimulate collaboration between modellers and empiricists, thereby overcoming existing reservations and prejudices. The implementation of this integrative research agenda for FBR requires an adaptation in most national and international funding schemes in order to accommodate such joint teams and their more complex structures and data needs. Zusammenfassung Ein verbessertes Verständnis von Biodiversität und ökosystemaren Funktionen als Basis für Ökosystemmanagement bedarf eines integrierten Rahmens für funktionelle Biodiversitätsforschung (FBR). Dabei gelingt es aber bislang nur selten, sowohl empirische Forschung (Monitoring und Experimente) als auch Modellierungsansätze erfolgreich zu integrieren. Wir beleuchten die Ursachen dieser Schwierigkeiten und zeigen Optionen für eine bessere Integration auf. Ein wesentliches Element ist dabei die gemeinsame Orientierung an einer fortlaufenden Überprüfung und Verbesserung eines theoretischen Rahmens der FBR. Diese gemeinsame Ausrichtung verknüpft das Testen von Theorien und konzeptionelle Verallgemeinerungen mit angewandten Fragestellungen, die sich am Schutz von Biodiversität und ökosystemaren Funktionen ausrichten. Hierbei können existierende Entscheidungs-Unterstützungs-Konzepte eine wichtige Rolle in der Verknüpfung und praktischen Umsetzung der verschiedenen Ziele der FBR spielen. Der vorgestellte integrierende Rahmen bedarf einer gemeinsamen Projektplanung und führt zu einer verbesserten Kommunikation und Zusammenarbeit zwischen Modellierern und Empirikern. Dabei werden bestehende Vorurteile und Berührungsängste überwunden. Die Umsetzung dieser integrierenden Forschungsagenda bedarf einer aktiven Veränderung nationaler und europäischer Förderpolitik mit dem Ziel gemeinsame Forscherteams mit komplexeren Strukturen und Datenerfassungsbedarfen zu ermöglichen.