Die grundlegende Veränderung der Landschaft durch Umwandlung der meisten Heideflächen in Wald und Ackerland hat auch zu einer starken Veränderung des Wasserhaushalts der Lüneburger Heide geführt. Innerhalb von hundert Jahren (1860 - 1960) wuchs der Waldflächenanteil im Regierungsbezirk Lüneburg von etwa 15% auf über 30%. Der im Vergleich zu landwirtschaftlichen Flächen und Brachen höhere Wasserverbrauch des Waldes durch Interzeption und Transpiration führte zur Verminderung von Grundwasserneubildung und Abflussbildung. Die Auswirkungen sind an der abnehmenden Wasserführung der oberirdischen Gewässer erkennbar. Die Zeitreihe der Wasserstände am Pegel Bienenbüttel/ Ilmenau, die seit 1888 vorliegen, zeigt seit Anfang des 20. Jahrhunderts eine fallende Tendenz, die signifikant mit der Zunahme der Waldflächen im Einzugsgebiet korreliert ist. Insbesondere vermindern sich die Werte des Sommerhalbjahres und der Niedrigwasser.