Humanarzneimittel gelangen auch bei sachgerechter Anwendung naturgemäß in das Abwasser und damit potenziell auch ins Trinkwasser, wo sie unerwünscht sind. Sie sind sehr oft schwer abbaubar. Über ihre möglichen Wirkungen gegenüber Umweltorganismen ist das Wissen unzureichend. Um ihre Konzentration im Wasser so gering wie möglich zu halten, sollte jeder unter vertretbarem Aufwand vermeidbare Eintrag ausgeschlossen werden. Das separate Sammeln der Patientenausscheidungen ist wegen anderer damit verbundener Risiken allerdings nicht grundsätzlich zu empfehlen und aus organisatorischen Gründen oft nicht machbar.